·çÁ¨¿¡½º¾¾¾ÆÀÌ´Â °í°´¸¸Á·À» À§ÇØ ÃÖ¼±À» ´ÙÇÒ°ÍÀ» ¾à¼Óµå¸³´Ï´Ù.

We could promise we will do our best trials to meet customers' requests


Áú¹® NCBI BLAST»ç¿ë¹ý
ÀÛ¼ºÀÚ lugensci
ÀÛ¼ºÀÏÀÚ 2023-01-19
 

 

1. Sequence alignment (¿°±â¼­¿­ ÀÏÄ¡ ºÐ¼®)

¿À´ÃÀº »ý¹°ÇÐ °ü·Ã ¿¬±¸¸¦ ÇÏ´Ù º¸¸é ²À ¾Ë¾Æ¾ß ÇÏ´Â sequence alignment¿¡ ´ëÇؼ­ ¾Ë¾Æ º¸µµ·Ï ÇÏ°Ú´Ù. Sequence alignment ÀÇ ¶æÀº °¢ ¿°±â¼­¿­ ȤÀº ´Ü¹éÁú ¼­¿­ÀÌ ¾ó¸¶³ª ÀÏÄ¡ÇÏ´ÂÁö È®ÀÎÇÏ´Â °ÍÀ» ¸»ÇÑ´Ù.

»ý¹°ÇÐ ¿¬±¸¿¡¼­ ÇʼöÀûÀÎ ºÎºÐÀÌ´Ù. ±âÃÊÀûÀÎ ºÎºÐ¿¡¼­´Â ³»°¡ »ç¿ëÇÒ plasmid DNAÀÇ ¼­¿­ÀÌ Á¤È®ÇÑÁö È®ÀÎÇÏ´Â °ÍºÎÅÍ º¹ÀâÇÏ°Ô´Â RNA-seq, CRISPR screening, Chip-seq µîÀÇ macro data¸¦ ºÐ¼®ÇÏ´Â °Í±îÁö ¸ðµÎ sequence alignment¸¦ ÅëÇؼ­ ÀÌ·ç¾îÁø´Ù.
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)Ŭ¸¯ÇÏ¸é ¾Æ·¡¿Í °°Àº âÀ» È®ÀÎ ÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù.
 Web BLAST¿¡ ÀÖ´Â 4°¡Áö Áß¿¡ Nucleotide BLAST¿¡ ´ëÇؼ­ ¾Ë¾Æº¼ °ÍÀÌ´Ù.
 

2. NCBI BLAST Á¾·ù

(1) Nucleotide BLAST : ¿°±â ¼­¿­ °£ÀÇ ÀÏÄ¡ ºÐ¼®

(2) Protein BLAST : ¾Æ¹Ì³ë»ê ¼­¿­ °£ÀÇ ÀÏÄ¡ ºÐ¼®

(3) blastx : ¿°±â ¼­¿­À» ¾Æ¹Ì³ë»ê ¼­¿­·Î ¹ø¿ª (Nucleotide sequence -> Protein sequence)

(4) tblastx : ¾Æ¹Ì³ë»ê ¼­¿­À» ¿°±â ¼­¿­·Î º¯È¯ (Protein sequence -> Nucleotide sequence)

3. Nucleotide BLAST – NCBI µ¥ÀÌÅͺ£À̽º

ÀÌ BLAST¸¦ ÀÌ¿ëÇؼ­ ³»°¡ Á¦°øÇÑ sequence Á¤º¸°¡ NCBI¿¡ ¾÷·Îµå µÇ¾îÀÖ´Â ¸ðµç sequence Á¤º¸¿Í ÀÏÄ¡ÇÏ´Â °ÍÀÌ ÀÖ´ÂÁö °Ë»öÇÒ ¼öµµ ÀÖ°í, ³»°¡ Á¦°øÇÑ µÎ °³ÀÇ ÀÌ»óÀÇ sequence°¡ ÀÏÄ¡ÇÏ´ÂÁöµµ ¾Ë ¼ö ÀÖ´Ù.

¸ÕÀú NCBI¿¡ ÀÖ´Â µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¿¡¼­ ³»°¡ Á¦°øÇÑ sequence°¡ ÀÏÄ¡ÇÏ´Â °ÍÀÌ ÀÖ´ÂÁö È®ÀÎÇÏ´Â ¹æ¹ýºÎÅÍ ¾Ë¾Æº¸°Ú´Ù. Nucleotide BLAST¸¦ Ŭ¸¯Çغ¸ÀÚ.


 


1. ±»ÀÌ µÚ·Î °¡±â¸¦ ´©¸£Áö ¾Ê¾Æµµ ¾Õ¼­ ¼³¸íÇÑ BLASTÀÇ Á¾·ù¸¦ ¼±ÅÃÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù.

2. º»ÀÎÀÌ È®ÀÎÇÏ°í ½ÍÀº Seqeunce¸¦ ÀÔ·ÂÇϴ âÀÌ´Ù. Sequence¸¦ Á÷Á¢ ÀÔ·ÂÇصµ µÇ°í NCBI acession number¸¦ ÀÔ·ÂÇصµ µÈ´Ù. NCBI acession number¿¡ ´ëÇؼ­´Â Ãß°¡ Æ÷½ºÆÃÀ» Çϵµ·Ï ÇÏ°Ú´Ù.

3. °Ë»öÇÒ µ¥ÀÌÅÍ º£À̽º¸¦ ¼±Åà ÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù. Àüü µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¸¦ ¼±ÅÃÇÏ¸é ¾Æ¹«·¡µµ ¿À·¡ °É¸°´Ù. ³»°¡ ¿øÇÏ´Â µ¥ÀÌÅÍ º£À̽º¸¦ ¼±Åà °¡´ÉÇÏ´Ù. ¿¹¸¦ µé¸é, cDNA database¿¡¼­¸¸ °Ë»öÀ» Çϰųª ¾Æ´Ï¸é À¯ÀüÀÚ¿¡¼­¸¸ °Ë»öÀ» ÇÏ´Â °ÍÀÌ °¡´ÉÇÏ´Ù. ÀÌ ºÎºÐÀº ¾Æ·¡¿¡¼­ Á» ´õ ÀÚ¼¼È÷ ´Ù·çµµ·Ï ÇÏ°Ú´Ù.

4. »õ·Î¿î â¿¡ °á°ú¸¦ Ç¥½ÃÇÏ°Ô ÇÏ´Â °ÍÀÌ´Ù. º¸Åë BLAST°¡ Çѹø¿¡ ¿øÇÏ´Â °á°ú°¡ µü ³ª¿À±âµµ ÇÏÁö¸¸ ¾Æ´Ñ °æ¿ìµµ Àֱ⠶§¹®¿¡ ´Ù½Ã BLAST¸¦ ¾µ °¡´É¼ºÀÌ ³ô´Ù. µû¶ó¼­ Å¬¸¯ÇØÁÖ°í ÁøÇàÇÏÀÚ.

5. BALST¸¦ ½ÃÀÛÇÏ´Â ¹öÆ°ÀÌ´Ù.


µ¥ÀÌÅÍ º£À̽ºÀÇ ¼±ÅÃ


 


µ¥ÀÌÅÍ º£À̽º¿¡´Â ¿©·¯°¡Áö°¡ ÀÖÁö¸¸ ¸¹ÀÌ »ç¿ëµÇ´Â °ÍÀ» À§ÁÖ·Î ¼³¸íÇØ º¸°Ú´Ù.

1) Nucleotide collection (nr/nt) : ÀÌ°ÍÀº GeneBank, EMBL, DDBJ, PDB, RefSeq ¸ðµÎ¸¦ Æ÷ÇÔÇÑ µ¥ÀÌÅͺ£À̽ºÀÌ´Ù. ¼±Åà °¡´ÉÇÑ °Í Áß¿¡ ¹üÀ§°¡ °¡Àå Å©´Ù°í »ý°¢ÇÏ¸é µÈ´Ù.

2) Reference RNA sequence (ref_rna) : NCBI Transcript Reference Sequences·Î cDNA µ¥ÀÌÅÍ º£À̽ºÀÌ´Ù.

3) Heman RefSeqGene sequence (RefSeq_Gene) : »ç¶÷ÀÇ Referece gene µ¥ÀÌÅÍ º£À̽ºÀÌ´Ù.

¿©±â¼­ Ref_SeqÀ̶ó´Â °ÍÀº reference seqeunce¶ó´Â ¶æÀ¸·Î NCBI staffµé¿¡ ÀÇÇؼ­ ReviewµÈ seqeunceÀÌ´Ù. Áï ¹ÏÀ» ¼ö ÀÖ´Â seqeunce¶ó´Â ¶æÀÌ´Ù.

Organsim (Á¾) ¼±ÅÃ

¹Ù·Î ¾Æ·¡¿¡ Organsim ¿¡¼­´Â Á¾À» ¼±ÅàÇϰųª Á¦¿Ü (ex Homo sapiens) ÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù. ¼±ÅÃÇÏÁö ¾ÊÀ¸¸é Àüü µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¸¦ ÀÌ¿ëÇÏ¿© °Ë»öÇϱ⠶§¹®¿¡ ½Ã°£ÀÌ Á¶±Ý ´õ ¼Ò¿äµÈ´Ù.

°á°ú¸¦ »õ â¿¡¼­ Ç¥½Ã ¸Þ´º¸¦ Ŭ¸¯ÇÏ°í BLAST¸¦ ´©¸£¸é alignment°¡ ½ÃÀ۵ȴÙ. °á°ú ÆäÀÌÁö¸¦ º¸ÀÚ.


 


 Description ºÎºÐ¿¡ ³ª¿À´Â ¸ñ·ÏÀº NCBI µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¿¡¼­ º»ÀÎÀÌ Á¦°øÇÑ ¿°±â ¼­¿­ Á¤º¸¿Í ÀÏÄ¡À²ÀÌ ³ôÀº ¼ø¼­´ë·Î °á°ú°¡ Ç¥½ÃµÈ´Ù. Ŭ¸¯Çؼ­ µé¾î°¡¸é sequence¸¦ ÀÚ¼¼È÷ º¼ ¼ö ÀÖ´Ù.


 


 ¸Ç À§ÀÇ »¡°£ ³×¸ðÀÇ ¸Þ´º¿¡¼­ º¸°í ½ÍÀº Á¤º¸¸¦ º¯È­ÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù. µÎ ¹ø° »¡°£ ³×¸ð¿¡¼­´Â alignment¸¦ º¸¿©ÁÖ´Â Çü½ÄÀ» ¹Ù²Ü ¼ö ÀÖ´Ù.

ÇÊÀÚÀÇ °æ¿ì´Â pairwise with dots for identities¸¦ °¡Àå ¼±È£ÇÑ´Ù. ÀÌ Çü½ÄÀº ÀÏÄ¡ÇÏ´Â ¿°±â ¼­¿­À» Á¡À¸·Î Ç¥½ÃÇÏ°í ´Ù¸¥ ºÎºÐÀÇ ¿°±â¼­¿­À» ºÓÀº»öÀ¸·Î Ç¥½ÃÇØÁØ´Ù. ±×·¡¼­ Ʋ¸° ºÎºÐÀ» ÇÑ ´«¿¡ ÆľÇÇϱâ ÁÁ´Ù.

4. Nucleotide BLAST – ³»°¡ Á¦°øÇÑ µÎ °³ÀÇ ¿°±â¼­¿­

À̹ø¿¡´Â ³»°¡ Á¦°øÇÑ µÎ °³ ÀÌ»óÀÇ ¿°±â¼­¿­¿¡¼­ ¾ó¸¶³ª °øÅëÀûÀ¸·Î ÀÏÄ¡ÇÏ´Â ºÎºÐÀÌ ÀÖ´ÂÁö È®ÀÎÇÏ´Â ¹æ¹ýÀÌ´Ù. ¶È°°ÀÌ Nucleotide BLAST·Î µé¾î°¡ÀÚ.


 


»¡°£ ³×¸ð Ä­¿¡ º¸ÀÌ´Â Align two or more seqeunceÀÇ ³×¸ð ¹Ú½º¸¦ üũÇØÁÖ¸é seqeunce¸¦ ÀÔ·ÂÇÒ ¼ö Àִ âÀÌ µÎ °³°¡ µÈ´Ù. µÎ °³ÀÇ seqeunce¸¦ ºÐ¼®ÇÒ °ÍÀ̸é Çϳª¾¿ ³Ö¾îÁÖ°í BLAST¸¦ ´­·¯ÁÖ¸é µÈ´Ù.

¹°·Ð ÇϳªÀÇ Ã¢¿¡ ¿©·¯°³ÀÇ sequence¸¦ ³Ö¾î Çѹø¿¡ ºÐ¼®ÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù. ÇÏÁö¸¸ Nucleotide BLAST ÀÚü°¡ 1:1 ºñ±³À̹ǷΠ3°³ÀÇ sequenceÀÇ °øÅëµÈ ºÎºÐÀ» ã¾ÆÁÖÁø ¾Ê´Â´Ù (ex A:B or A:C ºñ±³, A:B:CÀÇ °øÅëµÈ ºÎºÐÀÌ ¾Æ´Ô)

 3°³ ÀÌ»óÀÇ ¿°±â¼­¿­ÀÇ °øÅëµÈ ºÎºÐÀ» ã¾ÆÁÖ´Â tool¿¡´Â clustal X°¡ ÀÖ´Ù.
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
(Ãâóhttps://bio-chae.com/)


¸Þ´º´Ý±â

°ßÀû¹®ÀÇ

INQUIRY

¾Æ·¡ Ç׸ñ¿¡ ¸Â°Ô Á¤È®È÷ ÀÔ·ÂÇÏ¿© ÁֽʽÿÀ.